Vyšetření se provádí v době, kdy je ze zákona ještě možné těhotenství přerušit (do 24. týdne), a tím zabránit narození postiženého dítěte. Těhotenství se samozřejmě v případě pozitivního nálezu přerušuje jen na přání těhotné ženy.
Samotný výkon se provádí ve zdravotnických zařízeních specializovaných na prenatální diagnostiku. Výkon není bolestivý, pod kontrolou ultrazvuku se jehlou přes břišní stěnu těhotné ženy odebere malé množství plodové vody. Místo vpichu se volí tak, aby bylo bezpečné pro matku i pro plod. Plod si během několika dnů obnoví odebrané množství plodové vody sám. Plodovou vodu pak zpracuje genetická laboratoř a vyhotoví výsledek do asi dvou týdnů. Délka zpracování je odvislá od množství buněk plodu, které plodová voda obsahuje a je tedy individuální.
Rychlý výsledek
Je možné i rychlejší zpracování vzorku plodové vody za pomoci speciální techniky PCR (polymerázová řetězová reakce), kde jsou výsledky patrné již do 48 hodin. Toto vyšetření je zaměřeno na konkrétní vývojovou vadu, nelze ovšem aplikovat ve všech případech a nenahradí kompletní vyšetření genetického pozadí plodu, které poskytne kultivace plodové vody získané právě amniocentézou.
Po odběru plodové vody je doporučován klidový režim, a to pro snížení rizika komplikace vedoucí k potratu plodu. Absolutní klid by měl trvat 24 hodin, po dobu dvou týdnů je nutno vyloučit větší fyzickou námahu a více odpočívat.